WordPress por defecto usa archivos .htaccess para establecer los enlaces permanentes del blog, pero dichos archivos, sólo son soportados por Apache que como bien deben saber consume demasiados recursos innesariamente.
La solución que nos entrega WordPress a este problema, es por decir lo menos, HORRIBLE. Nos deja establecer los permanent link de la forma /index.php/categoria/post o lo que sea.
La forma más simple de hacer que todo funcione como debería es abrir el archivo de configuración de lightppd
nano /etc/lighttpd/lighttpd.conf
Y editar el vhost donde tenemos el blog (Ver como crear vhost) agrandando la siguiente linea.
server.error-handler-404 = "/index.php"
Ahora nos vamos a la configuración de los enlaces permanente de WP y los configuramos como nos den ganas.
Todo funcionará impecable. Lo que hemos hecho es decirle al servidor, que los errores 404 (página no encontrada) los envie a index.php (ó wordpress/index.php si tenemos en una carpeta el blog), quien se encargará de mostrar la pagina que queriamos como antes lo hacia de la forma /index.php/categoria/etc…